Variantpåvisning ved PCR og sekvensering av SARS-CoV-2
Det har den siste tiden vært økt fokus på påvisning av ulike varianter av SARS-CoV-2 som kan være assosiert med økt smittespredning. Per dags dato gjelder dette i Norge variantene 501Y.V1/B.1.1.7 (UK variant), B.1.525 (Outsider variant), 501Y.V2/B.1.351 (Sør-Afrika variant) og 501Y.V3/P.1 (Brasil variant). Ahus har derfor opprettet diagnostikk for å raskt kunne påvise disse variantene.
SARS-CoV-2 Variantscreening-PCR.
Fra og med 24/2 utføres SARS-CoV-2 variantscreening-PCR på alle positive prøver med tilstrekkelig virusmengde ved Ahus. Denne analysen blir satt opp alle hverdager.
Analysen sannsynliggjør tilstedeværelse av variant under særlig overvåkning ved å påvise enkelte «markørmutasjoner». Analysen skiller ikke sikkert mellom alle de ulike variantene. Funnene rapporteres som enten «Sannsynlig B.1.1.7 eller B.1.525», «Sannsynlig B.1.351 eller P.1» eller «Ikke påvist».
Utvalgte prøver kan undersøkes med sekvensering for nærmere identifikasjon. Tiltakene omkring et smittetilfelle er per dags dato de samme uansett hvilken av de fire variantene under særlig overvåkning som er til stede. Dersom nærmere identifikasjon er nødvendig, kontakt laboratoriet på telefon 67 96 94 17.
Helgenomsekvensering på Ahus
Ved helgenomsekvensering kartlegges hele virusgenomet. Dette er viktig for å fange opp eventuelt nye mutasjoner av betydning og kan også benyttes for å skille mellom de kjente variantene under særlig overvåkning. Fra og med uke 5 har vi helgenomsekvensert alle positive prøver fra innlagte, poliklinikk og ansatte på Ahus. I tillegg er det utført helgenomsekvensering av et tilfeldig utvalg av prøver fra primærhelsetjenesten. Hovedmengden av prøver til helgenomsekvensering sendes likevel til FHI, se under.
Svarutgivelse
Svar på variantpåvisning ved PCR-screening og helgenomsekvensering vil bli formidlet ved skriftlig svarrapport. Rekvirenter som har elektronisk svarrapport vil få denne så snart resultatet foreligger. Andre rekvirenter vil få svarrapport på papir. Det vil bli sendt kopi av svarrapporten til MSIS laboratoriedatabasen, men det går ikke svar til Helsenorge.no.
Innsending av prøver til FHI for generell og målrettet overvåkning
Det sendes rutinemessig 25 % av positive prøver til FHI for generell overvåkning av SARS-CoV-2 i omløp. I tillegg ønsker FHI at følgende prøver sendes for målrettet overvåking:
- Mistenkt importsmitte
- Spesielle epidemiologiske forhold, inkludert mistanke om rask og ukontrollerbar smittespredning til tross for gode smitteverntiltak, spesielt i institusjoner, skoler/barnehager og på ulike arbeidsplasser o.l. Det anbefales å sende inn prøver fra 5-10 prøver i et utbrudd.
- Mistanke om vaksinesvikt
- Mistanke om reinfeksjon
- Atypisk eller alvorlig sykdomsforløp
Ved ønske om at prøver skal sendes FHI for målrettet overvåkning kan kommuneleger ringe laboratoriet på telefon 67 96 94 17.
Ingeborg Fiane, konstituert overlege
Mikrobiologi og smittevern